Caso seu site por algum motivo não exige em seus registros o mesmo horário do servidor baseado em São Paulo, é possível que algum script não esteja configurado corretamente.
Você pode fazer isso usando a ferramenta MULTI PHP INI EDITOR que está no cPanel para todos os planos com mais de um site.
É possível que já exista algumas linhas com as configurações padrões. Insira date.timezone = "America/Sao_Paulo" numa linha e salve sua configuração. Seus registros serão próximos do registro abaixo:
allow_url_fopen = On
allow_url_include = Off
asp_tags = Off
display_errors = Off
enable_dl = Off
file_uploads = On
max_execution_time = 30
max_input_time = 60
max_input_vars = 1000
memory_limit = 128M
session.save_path = ""
upload_max_filesize = 8M
date.timezone = "America/Sao_Paulo"
Se o seu plano for UM-Site ou outro plano sem a ferramenta MULTI PHP INI EDITOR, você pode criar um arquivo chamado php.ini e inserir as mesmas informações.