1. Mensagem de Erro ou apenas um Aviso?

Antes de tudo, você deve prestar atenção se é um erro ou um simples aviso.
A mensagem de erro está bloqueando, ou seja, o seu .ipa não foi enviado para a Apple. É precedido por um sinal vermelho.
Um Aviso é uma mensagem informativa que não irá bloquear o seu envio. A Apple está simplesmente lhe dando informações. É precedido por um triângulo amarelo.
Se a janela do Application Loader exibe apenas uma advertência e nenhum erro, você pode continuar com a submissão de seu aplicativo normalmente.
Abaixo, você encontra os diferentes erros possíveis, bem como o procedimento a seguir quando eles ocorrem.
2. ERROR ITMS-90085 "No architecture in the binary..."

1/ Certifique-se de que você tem a versão mais recente disponível do Application Loader. Você pode baixar na seguinte página: https://itunesconnect.apple.com/apploader/ApplicationLoader_3.0.dmg
2/ Baixe o Xcode https://developer.apple.com/xcode/
3/ Tente enviar seu arquivo .ipa novamente com o Application Loader.
Se, apesar de suas tentativas o problema persistir, contate o suporte e anexe uma screenshot da mensagem de erro.
3. ERROR ITMS-4238: Redundant Binary Upload

A Apple não permite que o mesmo .ipa seja enviado várias vezes, porque o arquivo já está na sua conta do iTunes Connect, ignore essa mensagem de erro e continue normalmente com processo de envio do .ipa que já está no iTunes Connect.
4. ERROR ITMS 90101: "This bundle doesn't support one or more of the devices supported by the previous app version".

Geralmente, isso indica que o aplicativo incluiu uma versão para iPad, o que não é o caso na atualização que você está tentando enviar.
Apple não vai permitir a atualização se a compatibilidade não for fornecido para todos os dispositivos.
Por exemplo, você criou um aplicativo compatível com iPad em outra plataforma, ou com o plano avançado da GoodBarber, e tenha alterado sua assinatura para o plano Completo ou Base, que não oferecem a compatibilidade com iPad.
Com a GoodBarber, a versão do iPad está incluída apenas no plano Avançado.
Entre em contato com o suporte para ser instruído como assinar o plano Avançada e restaurar a compatibilidade para o seu aplicativo iPad.
5. ERROR ITMS-90167: "No .app bundles found in the package"
Este erro pode ocorrer no Sierra OS.
Certifique-se de atualizar o Xcode e o Application Loader se você receber esse erro.
Se persistir, por favor contate o suporte.
Certifique-se de atualizar o Xcode e o Application Loader se você receber esse erro.
Se persistir, por favor contate o suporte.

6. ERROR ITMS-90168 : "The binary you uploaded was invalid"

Certifique-se de atualizar o Xcode e o Application Loader se você receber esse erro.
Se persistir, por favor contate o suporte.
7. ERROR ITMS-90034: "Missing or invalid signature..."

8. No suitable application record were found

Se encontrar esta mensagem, você deve verificar se criou previamente seu app no iTunes Connect (itunesconnect.apple.com) antes de proceder ao envio do ficheiro .ipa através do Application Loader.
Caso ainda não o tenha feito, crie o app no iTunes Connect e tente enviar novamente o .ipa.